某夜突如其来刮起一阵带有彩虹色光辉的龙卷风，渐渐巨大化并笼罩全世界。
翌日早上，操真晴人 / 假面骑士Wizard与历从睡梦中醒来后，却发现所有景象犹如另一个世界，街上充斥着的是使用魔法的人们。甚至同伴奈良瞬平与大门凛子像失去过去事情的记忆般变得形同陌路人。
途中偶遇名叫椎名的少年，得知原来制造出彩虹色光辉的龙卷风，把世界变化成为“魔法王国”的元凶是号称“金色魔法使”的人 －假面骑士Sorcerer，为寻求真相而向国家统治者玛雅大王身处的城堡“翡翠城”进发。